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提前预约船舶坞期，并应考虑船坞繁忙可能存在的压港现象；慎重安排船员自行清洗，应考虑到船员人手不足、疲劳、通风不足和安全问题。如果由船员来进行油舱清洗，则每个油舱至少需要4天，考虑到不确定因素，每个舱好计划预留一周时间。船东需要考虑使用其他的替代方法进行燃油舱和管路的清洗。目前除了进船坞清洗外，还有在营运期间清洗及使用添加剂进行清洗两种办法。
油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。
残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。如果船舶在营运过程中安排人工清洗油舱，船长应首先考虑到人员进入密闭舱室的安全问题。
每艘船彻底完成清洗和冲洗需要的时间大约为1-2周。经过上述彻底清洗和冲洗的油舱和管路，在接收合规的燃油后，基本可以满足公约的排放要求。燃油舱应定期清洗，以清除淤积的沉淀物和污泥，油舱通常是在干船坞或燃料箱检查期间进行。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。
