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次氯酸水消毒剂中的次氯酸是以不携带电荷的分子形式存在，而细菌表面带有负电荷。像磁铁一样，具有相同电荷的分子会相互排斥。例如，带负电的次氯酸根离子会和细菌表面互相排斥，所以次氯酸根离子杀菌的能力较差。很容易穿透细菌细胞壁，可以氧化细胞壁以细菌或者通过细胞壁进入并破坏细菌内的重要组成成分。
次氯酸的杀菌能力是次氯酸根的80倍。在杀菌、杀病毒的过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且由于次氯酸分子小，不带电荷，可渗透入菌(病毒)体内与菌(病毒)体蛋白、核酸、酶等发生氧化反应，导致病原微生物。研究表明，在接近中性(pH6.20-6.80)时，有效氯几乎完全以分子的形式存在。
次氯酸水消毒剂是一种无色透明液体，有较淡的气味,其有效氯含量一般为50mg/L-200mg/L，pH在4.0-6.5，氧化还原电位在1040 mv以上。为避免因长期使用对金属制品造成的损害，对可能被腐蚀的金属制成的物品消毒后，应根据消毒级別的要求，用自来水或无菌水冲洗。杀灭微生物的机理，次氯酸水消毒剂是无机小分子，可以穿透微生物的细胞壁、细胞膜，破坏微生物的蛋白质、核酸等生命物质。
与强酸性电解水相比较，次氯酸水消毒剂有那些优点?次氯化钠生产过程中产生同等数量的碱性水，而碱性水利用率通常较低、用量较小，如果不经适当处理直接排放，既浪费宝贵的水资源又易对环境造成污染。次氯酸水消毒剂用无隔膜电解方式生产，原料液全部生成次氯酸水，不产生任何废水，因此，可以节约水资源，提高电解水利用率。相同浓度下,次氯酸的消毒效果是84消毒液的80倍。次氯酸对几乎所有对健康有威胁的病菌都具有破坏性。且杀灭菌率高达99.999%，达到了标准。
