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主要原因是，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而基因芯片引起的光衍射问题，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
2.生物学意义分析
主要指通过分析芯片杂交数据，研究差异表达基因的生物学意义。通常，在芯片中某一或发育时期可能有成千上万个差异表达基因。例如，基因芯片分析植物根部可能有400多个特意表达的基因，如果要将这些基因的来龙去脉都搞清楚，可能要追溯超过4000篇以上的文献(假设1个基因需要查阅10篇文献)。这种不捡重点的方法耗时耗力，所获得的结果也往往没有意义。
微阵列（Microarray）芯片以高密度阵列为特征。其基础研究始于20世纪80年代末，本质上是一种生物技术，主要是在生物遗传学领域发展起来的。
微阵列分为cDNA微阵列和寡聚核苷酸微阵列.微阵列上'印'有大量已知部分序列的DNA探针,微阵列技术就是利用分子杂交原理,使同时被比较的标本(用同位素或荧光素标记)与微阵列杂交,通过检测杂交信号强度及数据处理,把他们转化成不同标本中特异基因的丰度,从而比较不同标本的基因表达水平的差异.微阵列技术是一种探索基因组功能的有力手段.
