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饮料生产对车间的环境卫生问题要求很高，需要安装风淋系统、消毒机器等，工作人员进出车间要经过风淋室进行除尘。同时其他与加工无关的产品禁止带入车间。另外，员工要穿洁净服，戴上口罩等进入车间。此外，饮料生产还需要细分几个车间，比如原料间、生产间、包材间、清洗消毒间等，避免生产过程中，污染食品。
饮料生产离不开加工工艺，不同饮料所有差别，但是大体相同。一般来说，饮料生产包括水处理、净化、软化、调配、过滤、杀菌、清洗、灌装、封盖、包装等多道工序，其中涉及的饮料加工机械有饮料前处理设备、饮料杀菌设备、饮料灌装机、理瓶机/吹瓶机/洗瓶机、封盖三合一体机等。这些都是饮料连续化、自动化生产中不可或缺的饮料加工设备。
植物蛋白饮料本身即是优良的微生物培养基。据有人试验，灭菌豆奶暴露在空气中20分钟后，细菌即可达无法计数。由此可见，无论哪个生产环节没有做好严格的杀菌工作，都可能导致饮料的劣变：如pH值下降，分层沉淀，变质等。
人们往往不重视设备、容器、管道的严格消毒灭菌工作，在使用后、停产前仅用热水甚至冷水冲洗。我们认为，蛋白饮料连续生产。如要中断生产，在24小时以内，可分别在停机后和开机前用沸水将所有接触料液部分浸没冲洗10分钟以上；超过24小时，必须用65℃、2%水冲洗5分钟以上（如有结垢，应在洗净碱水后，再用2%液清洗5分钟以上），再用开水冲洗10分钟后备用。
样品接收后
样品管理员在样品包装进行消毒处理后再交给检测人员。
一般样品本身没有性，做好外包装消毒即可，可适当选用紫外光照射、酒精擦拭等方式进行消毒。进行挥发性有机物测试的样品不可采用酒精消毒。样品消毒后在样品室待检区存放24小时后再交由检测人员进行检测，除非样品有效期短，不允许。
如果样品本身可能有性，务必充分做好人员防护。
