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骨由骨质、骨膜、骨1髓、骨的血管、淋巴管和神经构成。在Micro CT中，可对骨质部分进行深入的形态学分析和研究。骨质分密质和松质：骨密质配布于骨的表面，也称皮质骨；骨松质由骨小梁排列而成，配布于骨的内部，骨小梁的排列与骨所承受的压力和张力的方向一致，因而能承受较大的重量。骨1髓腔和松质间隙内充填有骨1髓

骨小梁是皮质骨在松质骨内的延伸部分，即骨小梁与皮质骨相连接，在骨1髓腔中呈不规则立体网状结构，如丝瓜2络样或海绵状，起支持造血组织的作用。骨小梁连接而成的多孔网架结构，按应力曲线规律性排列，具有非均匀的各向异性，这种排列能增加骨强度，可以说，骨小梁的骨质量与其微结构密切相关[3]。因此，对于骨小梁的微结构分析在骨分析中是非常重要的。Micro CT可对骨小梁微结构进行无损3D成像，展示骨小梁的微结构，使得对于骨小梁微结构的拓扑学分析成为可能。CT成像的原理是当X-射线透过样本时，样本的各个部位对X-射线的吸收率不同。X-射线源发射X-射线，穿透样本，终在X-射线检测器上成像。对样本进行180°以上的不同角度成像。通过计算机软件，将每个角度的图像进行重构，还原成在电脑中可分析的3D图像。通过软件观察样本内部的各个截面的信息；对样本感兴趣部分进行2D和3D的分析；还可以制作直观的3D动画等。