点击图片查看原图有些菜农认为菌肥不能和化肥混合。混合后，高浓度化学物质菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中营养物质含量低，单独使用难以满足作物生长的需要。菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等。施土后易固定，与生物有机肥混合使用可减少营养物质的固定和损耗。另外，单独施用大量化肥和化肥不均匀时，容易对作物产生毒副作用。当有机肥厂家发现与菌肥混合时，这样的问题就会减少。
土壤中施用大量菌肥，虽然没有烧根现象，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不会像化肥一样烧掉蔬菜根，但是蔬菜和植物中盐的积累会增加，有害消费者的健康和土壤质量会恶化，但是肥料的投入成本会增加，蔬菜的栽培效率会降低。因此，有机肥制造商建议根据作物需求和土壤养分情况科学确定生物肥的施肥量，达到增产增收的目的。
（3）生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长；
（4）生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
优缺点编辑 语音
中国农民有使用有机肥的传统，十分重视有机肥的使用
注：CK-不施肥对照；N1-施9.2公斤N/亩；N2-18.4公斤N/亩；M1-有机肥3500公斤/亩(折纯9.2公斤)；M2-施有机肥7000公斤/亩，(折纯N18.4公斤)；M1N1、M1N2、M2N1、M2N2-为有机肥与无机氮肥以不同量相配合的处理
单施氮素化肥，或单施低量有机肥，或低量有机肥与氮素化肥配合的处理，土壤中的磷都是亏缺的。前者比后者亏缺更多。
